Na época do descobrimento, o vasto planalto hoje pertencente ao território de Jaquirana era ocupado por índios Kaigangs.
No século XVII, chegaram os missionários jesuítas e implantaram a criação extensiva de gado. Os bandeirantes paulistas também lá estiveram, exercendo suas atividades escravagistas e buscando os rebanhos deixados pelos jesuítas.
No início do século XVIII os europeus e luso-brasileiros começam a marcar sua presença na região, representados por tropeiros e contrabandistas de gado. Em 1807, o Rio Grande do Sul cria a sua primeira estrutura administrativa territorial, formando quatro municípios. Um deles era Santo Antônio da Patrulha, que integrou o município de Jaquirana em seu território até 1878. A partir daí, a região onde hoje é Jaquirana passa a pertencer a São Francisco de Paula, emancipando-se em 1987.
O nome do município é de origem indígena e significa cigarra cantadeira.
Atrativos
Em Vila Flores
Capela São Jorge.
A capela São Jorge, toda construída em pedra,contando coma as primeiras imagens dos santos, feitas de madeira.Conforme os atuais moradores da capela São Jorge, os primeiros imigrantes ao local por volta de 1893. Recém chegados, os imigrantes construíram um pe.
Marco fundamental da localização da sede do município. Impõe-se magnífica acima da praça, com estilo romana, internamente ricamente decorada por afrescos, um convite a oração. Fora a Sede do Município existem vários núcleos.
Veja mais informações de Igreja de São Pedro e São Paulo.
A capela São Roque está situada à beira do rio da Prata à ponte que liga o município de Vila Flores a Antônio Prado, situa-se no lugar aprazível. Nos fins de semana, em época de verão ela é muito visitada por turistas e outras pess.
Igreja Matriz Nossa Senhora de Lourdes e Campanário de Pedra .
Sua construção foi concluída em 1914. É uma das mais antigas do estado no estilo gótico. Possui um altarmor oriundo da Itália, com três nichos, sendo que no central, por influência dos padres capuchinhos franceses, está a Nossa Senhora de .
Veja mais informações de Igreja Matriz Nossa Senhora de Lourdes e Campanário de Pedra .
