Na época do descobrimento, o vasto planalto hoje pertencente ao território de Jaquirana era ocupado por índios Kaigangs.
No século XVII, chegaram os missionários jesuítas e implantaram a criação extensiva de gado. Os bandeirantes paulistas também lá estiveram, exercendo suas atividades escravagistas e buscando os rebanhos deixados pelos jesuítas.
No início do século XVIII os europeus e luso-brasileiros começam a marcar sua presença na região, representados por tropeiros e contrabandistas de gado. Em 1807, o Rio Grande do Sul cria a sua primeira estrutura administrativa territorial, formando quatro municípios. Um deles era Santo Antônio da Patrulha, que integrou o município de Jaquirana em seu território até 1878. A partir daí, a região onde hoje é Jaquirana passa a pertencer a São Francisco de Paula, emancipando-se em 1987.
O nome do município é de origem indígena e significa cigarra cantadeira.
Atrativos
Em Flores da Cunha
Igreja Matriz Nossa Senhora de Lourdes e Campanário de Pedra .
Sua construção foi concluída em 1914. É uma das mais antigas do estado no estilo gótico. Possui um altarmor oriundo da Itália, com três nichos, sendo que no central, por influência dos padres capuchinhos franceses, está a Nossa Senhora de .
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Está localizado na Linha Frei Caneca, na Capela de São Vicente, fica em torno de 3km da sede do município. Neste local foi realizada a primeira missa da até então Colônia de Monte Vêneto. Construído em madeira, típico do inicio da coloniza.
Localiza-se na Rua Raymundo Pessini esquina Monsenhor Henrique Compagnoni.Sua altitude é de 795m. Nele encontra-se o monumento do Cristo Crucificado, juntamente com 14 capelas em pedra basalto, simbolizando a Via Sacra..
Em estilo gótico foi concluída em 1947, cinco décadas depois do início das obras e tem como Santo Padroeiro Santo Antônio. Os belos vitrais e a pintura interna da Igreja, obra do artista Guaporense Sr. Emílio B. Zanon é um convite à visita&ccedi.
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