Na época do descobrimento, o vasto planalto hoje pertencente ao território de Jaquirana era ocupado por índios Kaigangs.
No século XVII, chegaram os missionários jesuítas e implantaram a criação extensiva de gado. Os bandeirantes paulistas também lá estiveram, exercendo suas atividades escravagistas e buscando os rebanhos deixados pelos jesuítas.
No início do século XVIII os europeus e luso-brasileiros começam a marcar sua presença na região, representados por tropeiros e contrabandistas de gado. Em 1807, o Rio Grande do Sul cria a sua primeira estrutura administrativa territorial, formando quatro municípios. Um deles era Santo Antônio da Patrulha, que integrou o município de Jaquirana em seu território até 1878. A partir daí, a região onde hoje é Jaquirana passa a pertencer a São Francisco de Paula, emancipando-se em 1987.
O nome do município é de origem indígena e significa cigarra cantadeira.
Atrativos
Em Flores da Cunha
Igreja São Marcos.
Fugindo completamente aos modelos tradicionais das Igrejas construídas na região, a nova Matriz de Otávio Rocha, apresenta um desenho inédito, com linhas retas e muita simplicidade arquitetônica, podendo ser considerada a primeira igreja em estilo mod.
A Igreja Matriz foi construída no ano de 1940, quem iniciou a construção da mesma foi o primeiro Pároco da cidade, Padre Alberto Peroni. Formalizando a religiosidade do povo a Igreja está localizada no centro da cidade e reúne vários fiéis dura.
A Igreja São Bento, edificada totalmente em concreto, é uma homenagem aos imigrantes italianos que colonizaram a região, tornando-se um marco permanente da sua principal atividade: a vitivinicultura. O altar e as portas da Igreja são de madeira. As quatro portas represent.
A capela São Jorge, toda construída em pedra,contando coma as primeiras imagens dos santos, feitas de madeira.Conforme os atuais moradores da capela São Jorge, os primeiros imigrantes ao local por volta de 1893. Recém chegados, os imigrantes construíram um pe.
