Na época do descobrimento, o vasto planalto hoje pertencente ao território de Jaquirana era ocupado por índios Kaigangs.
No século XVII, chegaram os missionários jesuítas e implantaram a criação extensiva de gado. Os bandeirantes paulistas também lá estiveram, exercendo suas atividades escravagistas e buscando os rebanhos deixados pelos jesuítas.
No início do século XVIII os europeus e luso-brasileiros começam a marcar sua presença na região, representados por tropeiros e contrabandistas de gado. Em 1807, o Rio Grande do Sul cria a sua primeira estrutura administrativa territorial, formando quatro municípios. Um deles era Santo Antônio da Patrulha, que integrou o município de Jaquirana em seu território até 1878. A partir daí, a região onde hoje é Jaquirana passa a pertencer a São Francisco de Paula, emancipando-se em 1987.
O nome do município é de origem indígena e significa cigarra cantadeira.
Atrativos
Em Flores da Cunha
Festas de Comunidade / Religiosas ( Sagras ).
Uma das tradições mais vivas da Colonização Italiana é a comemoração da Festa do Padroeiro de cada
capela do interior. Assim, a cada domingo há festa em alguma localidade que começa com a parte religiosa
de manhã com missa festi.
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Pelo ano de 1997 o Padre José Casanova entregou de presente ao vigário Pe. Homero Rui Rossi, vigário de
Otávio Rocha, um quadro de N.S. da Uva, comprado em 1964 em Paris. A reprodução se origina de um
quadro do pintor francês Pierre Mignoud (1612-169.
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Um local de muita devoção é a Gruta de Nossa Senhora de Lourdes. Poucas informações temos sobre sua origem. Segundo o depoimento de pessoas mais idosas, no final de década de 1920, houve um movimento para a construção de uma gruta, em homenagem.
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Todo o ano, em janeiro, ocorre na cidade a famosa procissão do Monsenhor João Benvegnú, pároco da cidade. Milhares de pessoas acompanham a procissão, celebrando os milagres concedidos pelo santo pároco. No município, ao lado da Igreja Matriz, no Jazig.
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