Na época do descobrimento, o vasto planalto hoje pertencente ao território de Jaquirana era ocupado por índios Kaigangs.
No século XVII, chegaram os missionários jesuítas e implantaram a criação extensiva de gado. Os bandeirantes paulistas também lá estiveram, exercendo suas atividades escravagistas e buscando os rebanhos deixados pelos jesuítas.
No início do século XVIII os europeus e luso-brasileiros começam a marcar sua presença na região, representados por tropeiros e contrabandistas de gado. Em 1807, o Rio Grande do Sul cria a sua primeira estrutura administrativa territorial, formando quatro municípios. Um deles era Santo Antônio da Patrulha, que integrou o município de Jaquirana em seu território até 1878. A partir daí, a região onde hoje é Jaquirana passa a pertencer a São Francisco de Paula, emancipando-se em 1987.
O nome do município é de origem indígena e significa cigarra cantadeira.
Atrativos
Em Cotiporã
Cascata dos Marins.
Atrativo de grandiosa beleza, localizada no Arroio Sapatinho fica distante 6 km da sede do município. De fácil acesso, realizado pela Linha Independência, por estrada não pavimentada, onde é possível observar vales e morros. No local existem vários alm.
A antiga Usina Hidrelétrica do Rio dos Touros é uma excelente alternativa de lazer no município de Bom Jesus. Localizado em área pública municipal e com fácil acesso para jovens e adultos, o local dispõe de trilha sobre os antigos canos da usina que c.
Veja mais informações de Barragem do Rio dos Touros e Cachoeira da Usina.
Os tropeiros cruzaram o Brasil, comercializando animais e produtos para subsistência das populações locais ao longo de suas rotas. Por sua localização geográfica estratégica, Bom Jesus foi uma das cidades que se formaram ao longo dos caminhos trilhados.
O rio Pelotas faz divisa entre os Estados do Rio Grande do Sul e Santa Catarina. O lugar impressiona pela grande área verde que apresenta. Na parte rodoviária da divisa existe uma área destinada para pesca e acampamento, mediante permissão da Brigada Militar local..
