Na época do descobrimento, o vasto planalto hoje pertencente ao território de Jaquirana era ocupado por índios Kaigangs.
No século XVII, chegaram os missionários jesuítas e implantaram a criação extensiva de gado. Os bandeirantes paulistas também lá estiveram, exercendo suas atividades escravagistas e buscando os rebanhos deixados pelos jesuítas.
No início do século XVIII os europeus e luso-brasileiros começam a marcar sua presença na região, representados por tropeiros e contrabandistas de gado. Em 1807, o Rio Grande do Sul cria a sua primeira estrutura administrativa territorial, formando quatro municípios. Um deles era Santo Antônio da Patrulha, que integrou o município de Jaquirana em seu território até 1878. A partir daí, a região onde hoje é Jaquirana passa a pertencer a São Francisco de Paula, emancipando-se em 1987.
O nome do município é de origem indígena e significa cigarra cantadeira.
Atrativos
Em Vila Flores
Capitel Divino Pai Eterno.
Há muito tempo atrás, os pais, presentearam sua filha Glória, com um terreno dizendo-lhe que “um dia ela iria precisar dele e que ali aconteceriam muitas coisas boas”. Neste terreno hoje existe um capitel dedicado ao Divino Pai Eterno. Um local de reflexão e m.
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Está localizado na Linha Frei Caneca, na Capela de São Vicente, fica em torno de 3km da sede do município. Neste local foi realizada a primeira missa da até então Colônia de Monte Vêneto. Construído em madeira, típico do inicio da coloniza.
Encontra-se na Capela de Nossa Senhora da Pompéia, na Linha Júlio de Oliveira à 4 km da sede do município. A Gruta possui formação natural, constituída por um paredão de pedra basalto, com aproximadamente 18m de largura, 9m de profundidade e 5m.
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Igreja Matriz Nossa Senhora de Lourdes e Campanário de Pedra .
Sua construção foi concluída em 1914. É uma das mais antigas do estado no estilo gótico. Possui um altarmor oriundo da Itália, com três nichos, sendo que no central, por influência dos padres capuchinhos franceses, está a Nossa Senhora de .
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