Na época do descobrimento, o vasto planalto hoje pertencente ao território de Jaquirana era ocupado por índios Kaigangs.
No século XVII, chegaram os missionários jesuítas e implantaram a criação extensiva de gado. Os bandeirantes paulistas também lá estiveram, exercendo suas atividades escravagistas e buscando os rebanhos deixados pelos jesuítas.
No início do século XVIII os europeus e luso-brasileiros começam a marcar sua presença na região, representados por tropeiros e contrabandistas de gado. Em 1807, o Rio Grande do Sul cria a sua primeira estrutura administrativa territorial, formando quatro municípios. Um deles era Santo Antônio da Patrulha, que integrou o município de Jaquirana em seu território até 1878. A partir daí, a região onde hoje é Jaquirana passa a pertencer a São Francisco de Paula, emancipando-se em 1987.
O nome do município é de origem indígena e significa cigarra cantadeira.
Atrativos
Em São Marcos
Igreja Matriz de São Marcos.
A Igreja Matriz localiza-se em frente a praça, no centro da cidade. Possui arquitetura exuberante e é um símbolo de fé do município. Nela encontra-se também a Gruta de Nossa Senhora Aparecida, toda revestida em pedras de rio..
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A Igreja Matriz Cristo Rei, edificada em estilo gótico moderno, foi inaugurada em 14 de novembro de 1954, levando cinco anos para ser construída. Seu interior possui um vão de 40 metros de altura e 3 altares. Numa das naves laterais está localizada a “fonte de &aacu.
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Localiza-se na Rua Raymundo Pessini esquina Monsenhor Henrique Compagnoni.Sua altitude é de 795m. Nele encontra-se o monumento do Cristo Crucificado, juntamente com 14 capelas em pedra basalto, simbolizando a Via Sacra..
