Na época do descobrimento, o vasto planalto hoje pertencente ao território de Jaquirana era ocupado por índios Kaigangs.
No século XVII, chegaram os missionários jesuítas e implantaram a criação extensiva de gado. Os bandeirantes paulistas também lá estiveram, exercendo suas atividades escravagistas e buscando os rebanhos deixados pelos jesuítas.
No início do século XVIII os europeus e luso-brasileiros começam a marcar sua presença na região, representados por tropeiros e contrabandistas de gado. Em 1807, o Rio Grande do Sul cria a sua primeira estrutura administrativa territorial, formando quatro municípios. Um deles era Santo Antônio da Patrulha, que integrou o município de Jaquirana em seu território até 1878. A partir daí, a região onde hoje é Jaquirana passa a pertencer a São Francisco de Paula, emancipando-se em 1987.
O nome do município é de origem indígena e significa cigarra cantadeira.
Atrativos
Em Bom Jesus
Corredor de Tropeiros.
Os tropeiros cruzaram o Brasil, comercializando animais e produtos para subsistência das populações locais ao longo de suas rotas. Por sua localização geográfica estratégica, Bom Jesus foi uma das cidades que se formaram ao longo dos caminhos trilhados.
Localizada em propriedade particular, com um acesso em chão batido, aproximadamente 5km do trevo principal da cidade, e com uma bela trilha ecológica para se chegar à queda. O acesso principal se faz pela estrada que liga o trevo principal da cidade ao monumento do Cristo..
