Na época do descobrimento, o vasto planalto hoje pertencente ao território de Jaquirana era ocupado por índios Kaigangs.
No século XVII, chegaram os missionários jesuítas e implantaram a criação extensiva de gado. Os bandeirantes paulistas também lá estiveram, exercendo suas atividades escravagistas e buscando os rebanhos deixados pelos jesuítas.
No início do século XVIII os europeus e luso-brasileiros começam a marcar sua presença na região, representados por tropeiros e contrabandistas de gado. Em 1807, o Rio Grande do Sul cria a sua primeira estrutura administrativa territorial, formando quatro municípios. Um deles era Santo Antônio da Patrulha, que integrou o município de Jaquirana em seu território até 1878. A partir daí, a região onde hoje é Jaquirana passa a pertencer a São Francisco de Paula, emancipando-se em 1987.
O nome do município é de origem indígena e significa cigarra cantadeira.
Atrativos
Em Flores da Cunha
Praça Regional da Uva - Otávio Rocha.
A sugestão do nome Praça Regional da Uva dada por Floriano Molon foi aceita pela Câmara de Vereadores e
pelo Prefeitura, sendo à época o Prefeito Cláudio R. Bedin. Como uma forma de pressão para que a
Prefeitura realizasse a obra, a construç&a.
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O Parque Aldeia do Imigrante é o atrativo turístico de maior destaque do município. Foi criado para resgatar e preservar o passado histórico dos imigrantes que colonizaram esta região, predominando a imigração alemã. O Parque está dividi.
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No Vale da Ferradura, a convivência harmônica com a natureza é um espetáculo à parte. Curta o vento, o sol, as belas vistas, um banho de cachoeira, os animais! Aqui você encontra animais como quati, macaco-prego, bugio-ruivo, serelepe, cutia, gamb&aacu.
O Estação Verde Adventure Park fica em Canela, numa das regiões mais belas do município, cercado por mata nativa e paisagens deslumbrantes. Sua área de 5 hectares proporciona atividades de lazer para pessoas de todas as idades, atrações para .
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