Na época do descobrimento, o vasto planalto hoje pertencente ao território de Jaquirana era ocupado por índios Kaigangs.
No século XVII, chegaram os missionários jesuítas e implantaram a criação extensiva de gado. Os bandeirantes paulistas também lá estiveram, exercendo suas atividades escravagistas e buscando os rebanhos deixados pelos jesuítas.
No início do século XVIII os europeus e luso-brasileiros começam a marcar sua presença na região, representados por tropeiros e contrabandistas de gado. Em 1807, o Rio Grande do Sul cria a sua primeira estrutura administrativa territorial, formando quatro municípios. Um deles era Santo Antônio da Patrulha, que integrou o município de Jaquirana em seu território até 1878. A partir daí, a região onde hoje é Jaquirana passa a pertencer a São Francisco de Paula, emancipando-se em 1987.
O nome do município é de origem indígena e significa cigarra cantadeira.
Atrativos
Em Cotiporã
Gruta Nossa Senhora de Lourdes.
Encontra-se na Capela de Nossa Senhora da Pompéia, na Linha Júlio de Oliveira à 4 km da sede do município. A Gruta possui formação natural, constituída por um paredão de pedra basalto, com aproximadamente 18m de largura, 9m de profundidade e 5m.
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Dedicada à Nossa Senhora Mãe de Deus, foi construída em 1943 com o apoio de toda a comunidade. A igreja possui uma torre com quatro sinos, confeccionados com metais também doados pela população. Em momentos especiais ainda é possível ouvir as b.
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O pároco da Igreja Nossa Senhora do Rosário, Pe. Antônio Serraglia, adquiriu em 1926 após a construção da Igreja Matriz, três sinos vindos da Alemanha, para soarem às 06:00, às 12:00 e às 18:00. Os três sinos juntos pesam 914 .
