Na época do descobrimento, o vasto planalto hoje pertencente ao território de Jaquirana era ocupado por índios Kaigangs.
No século XVII, chegaram os missionários jesuítas e implantaram a criação extensiva de gado. Os bandeirantes paulistas também lá estiveram, exercendo suas atividades escravagistas e buscando os rebanhos deixados pelos jesuítas.
No início do século XVIII os europeus e luso-brasileiros começam a marcar sua presença na região, representados por tropeiros e contrabandistas de gado. Em 1807, o Rio Grande do Sul cria a sua primeira estrutura administrativa territorial, formando quatro municípios. Um deles era Santo Antônio da Patrulha, que integrou o município de Jaquirana em seu território até 1878. A partir daí, a região onde hoje é Jaquirana passa a pertencer a São Francisco de Paula, emancipando-se em 1987.
O nome do município é de origem indígena e significa cigarra cantadeira.
Atrativos
Em Flores da Cunha
Igreja São Marcos.
Fugindo completamente aos modelos tradicionais das Igrejas construídas na região, a nova Matriz de Otávio Rocha, apresenta um desenho inédito, com linhas retas e muita simplicidade arquitetônica, podendo ser considerada a primeira igreja em estilo mod.
Igreja Matriz Nossa Senhora de Lourdes e Campanário de Pedra .
Sua construção foi concluída em 1914. É uma das mais antigas do estado no estilo gótico. Possui um altarmor oriundo da Itália, com três nichos, sendo que no central, por influência dos padres capuchinhos franceses, está a Nossa Senhora de .
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A Igreja Matriz localiza-se em frente a praça, no centro da cidade. Possui arquitetura exuberante e é um símbolo de fé do município. Nela encontra-se também a Gruta de Nossa Senhora Aparecida, toda revestida em pedras de rio..
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