No início da colonização, era apenas uma vila do interior de Veranópolis, conhecida por Pinheiro Seco. Em 1920, passou a ser chamada de Vila Flores, em homenagem à Família Fiori, uma das primeiras a se estabelecerem na localidade. Emancipou-se em 12 de maio de 1988.
O povoado formou-se a partir da Casa Fiori, onde no início do século passado funcionava o maior estabelecimento comercial da região. O local foi porto de pouso dos carreteiros que transportavam madeira para Porto Alegre.
As toras eram levadas até o rio das Antas e amarradas na forma de balsas. Quando a água subia, as madeiras eram colocadas no rio para descerem flutuando até a capital gaúcha. Hoje, a cidade de Vila Flores é ponto de referência de religiosos que vêm em busca do famoso vinho de missa, fabricado no Seminário dos Freis Capuchinhos.
Atrativos
Em Vila Maria
Gruta Nossa Senhora de Lourdes.
Localizada junto a RS 324, é um recanto de oração para os viajantes e comunidade em geral..
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Ao lado da capela está também o cemitério. Tal como na maioria das comunidade primitivas da imigração italiana em nosso Estado, aqui também, o cemitério se situa ao lado da capela, pois é uma peça muito importante, nesse tipo.
Em homenagem a Santa padroeira da cidade, Nossa Senhora da Saúde, foi realizada a construção da Igreja. Sua pintura interna é conservada desde de 1907, data do inicio de sua construção. Possui imagens de Santos trazidas da Itália. Em novembro realiza-.
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A Igreja foi inaugurada em 18 de novembro de 1939 em estilo românico, com reproduções de pinturas renascentistas da via-sacra nas paredes internas e uma torre de 30 metros de altura, construída em 1954..
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