Antes da criação do povoado, os indígenas ocupavam toda região, cujos vestígios aparecem até hoje em cavernas e terras de cultivos. Mais tarde vieram os bandeirantes paulistas e os tropeiros que iniciaram as primeiras fazendas.
Todo território pertencia ao município de Santo Antônio da Patrulha e depois a Vacaria, também era conhecido como o Terceiro Distrito da Costa, devido sua proximidade com o mar.
A distância que separa o distrito de Vacaria era grande e os meios de transportes tão precários que o povo começou a lutar pela criação de uma capela em local mais próximo e acessível.
Bom Jesus foi criado em 21 de maio de 1879 com o nome de Capela do Senhor do Bom Fim (nome dado devido a devoção de Manoel Silveira de Azevedo, dono das terras, o qual fez uma promessa que se voltasse são e salvo da Guerra do Paraguai, iria formar uma capela).
Em 16 de julho de 1913, Bom Jesus emancipou-se através do Decreto nº2000, durante o governo do Dr. Antônio Augusto Borges de Medeiros, e teve como primeiro intendente municipal o engenheiro Artur da Silva Ferreira. As famílias colonizadoras vieram de diferentes regiões e países, trazendo consigo diversas culturas. Aos indígenas juntaram-se os portugueses, italianos, alemães e negros.
Em 1918, por decreto de D. Miguel de Lima Valverde, Bispo de Santa Maria, Bom Jesus passou a categoria de paróquia em 1940 à cidade.
Pelos campos de Bom Jesus passaram grande mártires em operação de guerra, como na Revolução Farroupilha. Entre eles aparecem Anita Garibaldi, Bento Gonçalves, David Canabarro, etc..
O interesse político por Bom Jesus deu-se devido ao fato de haver no município o maior posto de arrecadação de impostos e controle do Governo Imperial, na província do Rio Grande de São Pedro, localizado no Rio Pelotas, no chamado Passo de Santa Vitória ou Guarda Velha.
Atrativos
Em Vila Flores
Capela Caravággio.
Ao lado da capela está também o cemitério. Tal como na maioria das comunidade primitivas da imigração italiana em nosso Estado, aqui também, o cemitério se situa ao lado da capela, pois é uma peça muito importante, nesse tipo.
A Igreja São Bento, edificada totalmente em concreto, é uma homenagem aos imigrantes italianos que colonizaram a região, tornando-se um marco permanente da sua principal atividade: a vitivinicultura. O altar e as portas da Igreja são de madeira. As quatro portas represent.
A Igreja Matriz localiza-se em frente a praça, no centro da cidade. Possui arquitetura exuberante e é um símbolo de fé do município. Nela encontra-se também a Gruta de Nossa Senhora Aparecida, toda revestida em pedras de rio..
Veja mais informações de Igreja Matriz de São Marcos.
Localizada as margens do Arroio Jararaca e a 200 metros do Rio da Prata, além da Igreja de São José, patrimônio histórico e cultural, existe no local infra-estrutura com churrasqueiras, mesas e piscina natural. Ocorre no lugar, uma vez por ano, festa religiosa com r.
