Na época do descobrimento, o vasto planalto hoje pertencente ao território de Jaquirana era ocupado por índios Kaigangs.
No século XVII, chegaram os missionários jesuítas e implantaram a criação extensiva de gado. Os bandeirantes paulistas também lá estiveram, exercendo suas atividades escravagistas e buscando os rebanhos deixados pelos jesuítas.
No início do século XVIII os europeus e luso-brasileiros começam a marcar sua presença na região, representados por tropeiros e contrabandistas de gado. Em 1807, o Rio Grande do Sul cria a sua primeira estrutura administrativa territorial, formando quatro municípios. Um deles era Santo Antônio da Patrulha, que integrou o município de Jaquirana em seu território até 1878. A partir daí, a região onde hoje é Jaquirana passa a pertencer a São Francisco de Paula, emancipando-se em 1987.
O nome do município é de origem indígena e significa cigarra cantadeira.
Atrativos
Em São José dos Ausentes
Desnível dos Rios Divisa e Silveira.
Estes dois rios correm paralelamente, e em certo ponto dos seus cursos, forma-se uma cachoeira entre ambos, com uma queda de mais de 30 metros. Localiza-se na Fazenda Potreirinhos, no 2º distrito do município de São José dos Ausentes, a 32km da sede, com acesso pela estrada.
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Na propriedade da família Roso, a 13Km da cidade, a Cascata das Bruxas, com 37 metros de queda de água, além de ter uma estória incrível, ainda oferece uma fantástica vista do cânion, formado por uma garganta com mais de 1Km de extensão e 80 met.
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