Na época do descobrimento, o vasto planalto hoje pertencente ao território de Jaquirana era ocupado por índios Kaigangs.
No século XVII, chegaram os missionários jesuítas e implantaram a criação extensiva de gado. Os bandeirantes paulistas também lá estiveram, exercendo suas atividades escravagistas e buscando os rebanhos deixados pelos jesuítas.
No início do século XVIII os europeus e luso-brasileiros começam a marcar sua presença na região, representados por tropeiros e contrabandistas de gado. Em 1807, o Rio Grande do Sul cria a sua primeira estrutura administrativa territorial, formando quatro municípios. Um deles era Santo Antônio da Patrulha, que integrou o município de Jaquirana em seu território até 1878. A partir daí, a região onde hoje é Jaquirana passa a pertencer a São Francisco de Paula, emancipando-se em 1987.
O nome do município é de origem indígena e significa cigarra cantadeira.
Atrativos
Em Flores da Cunha
Eremitério Frei Salvador.
Em meio à natureza, o Eremitério é o tradicional palco para a celebração da Romaria a Frei Salvador,
realizada anualmente no dia de Corpus Christi, reunindo milhares de pessoas.
Os fiéis dirigem ao Frei Salvador seus pedidos de saúde e de boa colhei.
Veja mais informações de Eremitério Frei Salvador.
Inaugurada em 1981, o local tem uma vista privilegiada do Vale do Rio das Antas. Banhada por uma linda cachoeira, local onde se realiza a Festa de Nossa Senhora de Lourdes..
Queda d’água em plena mata nativa a cascata tem 52 metros de altura caindo em forma de cortina de água sobre uma gruta com 200 metros de comprimento por 25 metros de altura que pode ainda ser visitada.
Foi cenário para o filme O Quatrilho, obra de José Clemen.
No interior da Igreja Matriz repousam seus restos mortais. A devoção ao Frei é o lenitivo de muitos fiéis
contra males físicos e espirituais atribuindo-se a ele muitos milagres.
Atualmente está em processo de beatificação e já é.
