Na época do descobrimento, o vasto planalto hoje pertencente ao território de Jaquirana era ocupado por índios Kaigangs.
No século XVII, chegaram os missionários jesuítas e implantaram a criação extensiva de gado. Os bandeirantes paulistas também lá estiveram, exercendo suas atividades escravagistas e buscando os rebanhos deixados pelos jesuítas.
No início do século XVIII os europeus e luso-brasileiros começam a marcar sua presença na região, representados por tropeiros e contrabandistas de gado. Em 1807, o Rio Grande do Sul cria a sua primeira estrutura administrativa territorial, formando quatro municípios. Um deles era Santo Antônio da Patrulha, que integrou o município de Jaquirana em seu território até 1878. A partir daí, a região onde hoje é Jaquirana passa a pertencer a São Francisco de Paula, emancipando-se em 1987.
O nome do município é de origem indígena e significa cigarra cantadeira.
Atrativos
Em Vila Flores
Capela São Roque.
A capela São Roque está situada à beira do rio da Prata à ponte que liga o município de Vila Flores a Antônio Prado, situa-se no lugar aprazível. Nos fins de semana, em época de verão ela é muito visitada por turistas e outras pess.
O pároco da Igreja Nossa Senhora do Rosário, Pe. Antônio Serraglia, adquiriu em 1926 após a construção da Igreja Matriz, três sinos vindos da Alemanha, para soarem às 06:00, às 12:00 e às 18:00. Os três sinos juntos pesam 914 .
A devoção a São Pelegrino, em Caxias do Sul, está vinculada aos primórdios da imigração italiana e da fundação da cidade. Em 1879 a família Sartori chegava ao antigo "Campo dos Bugres" trazendo a imagem do Santo que se habitu.
