Na época do descobrimento, o vasto planalto hoje pertencente ao território de Jaquirana era ocupado por índios Kaigangs.
No século XVII, chegaram os missionários jesuítas e implantaram a criação extensiva de gado. Os bandeirantes paulistas também lá estiveram, exercendo suas atividades escravagistas e buscando os rebanhos deixados pelos jesuítas.
No início do século XVIII os europeus e luso-brasileiros começam a marcar sua presença na região, representados por tropeiros e contrabandistas de gado. Em 1807, o Rio Grande do Sul cria a sua primeira estrutura administrativa territorial, formando quatro municípios. Um deles era Santo Antônio da Patrulha, que integrou o município de Jaquirana em seu território até 1878. A partir daí, a região onde hoje é Jaquirana passa a pertencer a São Francisco de Paula, emancipando-se em 1987.
O nome do município é de origem indígena e significa cigarra cantadeira.
Atrativos
Em Farroupilha
Santuário Nossa Senhora de Caravaggio.
O maior santuário religioso do sul do país recebe milhares de fiéis no dia 26 de maio, data de Nossa Senhora de Caravaggio. Padroeira de Farroupilha e da região colonial italiana, o dia é feriado municipal.O Santuário está localizado a seis quilô.
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Tombada patrimônio histórico pela Lei Municipal nº 545/2001, a Igreja Nossa Senhora do Rosário, é um marco fundamental na história da cidade de Protásio Alves.A paróquia foi criada no ano de 1902 através de um abaixo assinado dos moradores .
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A capela São Roque está situada à beira do rio da Prata à ponte que liga o município de Vila Flores a Antônio Prado, situa-se no lugar aprazível. Nos fins de semana, em época de verão ela é muito visitada por turistas e outras pess.
A Igreja Matriz Cristo Rei, edificada em estilo gótico moderno, foi inaugurada em 14 de novembro de 1954, levando cinco anos para ser construída. Seu interior possui um vão de 40 metros de altura e 3 altares. Numa das naves laterais está localizada a “fonte de &aacu.
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