Na época do descobrimento, o vasto planalto hoje pertencente ao território de Jaquirana era ocupado por índios Kaigangs.
No século XVII, chegaram os missionários jesuítas e implantaram a criação extensiva de gado. Os bandeirantes paulistas também lá estiveram, exercendo suas atividades escravagistas e buscando os rebanhos deixados pelos jesuítas.
No início do século XVIII os europeus e luso-brasileiros começam a marcar sua presença na região, representados por tropeiros e contrabandistas de gado. Em 1807, o Rio Grande do Sul cria a sua primeira estrutura administrativa territorial, formando quatro municípios. Um deles era Santo Antônio da Patrulha, que integrou o município de Jaquirana em seu território até 1878. A partir daí, a região onde hoje é Jaquirana passa a pertencer a São Francisco de Paula, emancipando-se em 1987.
O nome do município é de origem indígena e significa cigarra cantadeira.
Atrativos
Em Flores da Cunha
Casarão dos Veronese - Otávio Rocha.
Em 1980 iniciam-se as tentativas para o tombamento da casa com levantamentos históricos de diversas
universidades do Rio Grande do Sul, como UCS, Unisinos e UFRGS. Em 23 de dezembro de 1986 o Casarão é
tombado pelo IPHAE, sendo considerado um dos mais importantes prédio.
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Flores da Cunha é conhecida como a "Terra do Galo" devido a um episódio onde um mágico famoso no Rio Grande do Sul passou pelo ainda distrito Nova Trento dizendo que iria cortar a cabeça de um galo e que, em seguida, iria fazer uma mágica, onde o pesco&cc.
