Na época do descobrimento, o vasto planalto hoje pertencente ao território de Jaquirana era ocupado por índios Kaigangs.
No século XVII, chegaram os missionários jesuítas e implantaram a criação extensiva de gado. Os bandeirantes paulistas também lá estiveram, exercendo suas atividades escravagistas e buscando os rebanhos deixados pelos jesuítas.
No início do século XVIII os europeus e luso-brasileiros começam a marcar sua presença na região, representados por tropeiros e contrabandistas de gado. Em 1807, o Rio Grande do Sul cria a sua primeira estrutura administrativa territorial, formando quatro municípios. Um deles era Santo Antônio da Patrulha, que integrou o município de Jaquirana em seu território até 1878. A partir daí, a região onde hoje é Jaquirana passa a pertencer a São Francisco de Paula, emancipando-se em 1987.
O nome do município é de origem indígena e significa cigarra cantadeira.
Atrativos
Em São Marcos
Igreja Matriz de São Marcos.
A Igreja Matriz localiza-se em frente a praça, no centro da cidade. Possui arquitetura exuberante e é um símbolo de fé do município. Nela encontra-se também a Gruta de Nossa Senhora Aparecida, toda revestida em pedras de rio..
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Pelo ano de 1997 o Padre José Casanova entregou de presente ao vigário Pe. Homero Rui Rossi, vigário de
Otávio Rocha, um quadro de N.S. da Uva, comprado em 1964 em Paris. A reprodução se origina de um
quadro do pintor francês Pierre Mignoud (1612-169.
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Em homenagem a Santa padroeira da cidade, Nossa Senhora da Saúde, foi realizada a construção da Igreja. Sua pintura interna é conservada desde de 1907, data do inicio de sua construção. Possui imagens de Santos trazidas da Itália. Em novembro realiza-.
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Fugindo completamente aos modelos tradicionais das Igrejas construídas na região, a nova Matriz de Otávio Rocha, apresenta um desenho inédito, com linhas retas e muita simplicidade arquitetônica, podendo ser considerada a primeira igreja em estilo mod.
