Na época do descobrimento, o vasto planalto hoje pertencente ao território de Jaquirana era ocupado por índios Kaigangs.
No século XVII, chegaram os missionários jesuítas e implantaram a criação extensiva de gado. Os bandeirantes paulistas também lá estiveram, exercendo suas atividades escravagistas e buscando os rebanhos deixados pelos jesuítas.
No início do século XVIII os europeus e luso-brasileiros começam a marcar sua presença na região, representados por tropeiros e contrabandistas de gado. Em 1807, o Rio Grande do Sul cria a sua primeira estrutura administrativa territorial, formando quatro municípios. Um deles era Santo Antônio da Patrulha, que integrou o município de Jaquirana em seu território até 1878. A partir daí, a região onde hoje é Jaquirana passa a pertencer a São Francisco de Paula, emancipando-se em 1987.
O nome do município é de origem indígena e significa cigarra cantadeira.
Atrativos
Em Bom Jesus
Barragem do Rio dos Touros e Cachoeira da Usina.
A antiga Usina Hidrelétrica do Rio dos Touros é uma excelente alternativa de lazer no município de Bom Jesus. Localizado em área pública municipal e com fácil acesso para jovens e adultos, o local dispõe de trilha sobre os antigos canos da usina que c.
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Localizada em propriedade particular, com um acesso em chão batido, aproximadamente 5km do trevo principal da cidade, e com uma bela trilha ecológica para se chegar à queda. O acesso principal se faz pela estrada que liga o trevo principal da cidade ao monumento do Cristo..
Queda d’água em plena mata nativa a cascata tem 52 metros de altura caindo em forma de cortina de água sobre uma gruta com 200 metros de comprimento por 25 metros de altura que pode ainda ser visitada.
Foi cenário para o filme O Quatrilho, obra de José Clemen.
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