Na época do descobrimento, o vasto planalto hoje pertencente ao território de Jaquirana era ocupado por índios Kaigangs.
No século XVII, chegaram os missionários jesuítas e implantaram a criação extensiva de gado. Os bandeirantes paulistas também lá estiveram, exercendo suas atividades escravagistas e buscando os rebanhos deixados pelos jesuítas.
No início do século XVIII os europeus e luso-brasileiros começam a marcar sua presença na região, representados por tropeiros e contrabandistas de gado. Em 1807, o Rio Grande do Sul cria a sua primeira estrutura administrativa territorial, formando quatro municípios. Um deles era Santo Antônio da Patrulha, que integrou o município de Jaquirana em seu território até 1878. A partir daí, a região onde hoje é Jaquirana passa a pertencer a São Francisco de Paula, emancipando-se em 1987.
O nome do município é de origem indígena e significa cigarra cantadeira.
Atrativos
Em Nova Pádua
Parque dos Peixes .
Localizado no interior do município, com acesso asfáltico, encontra-se pesque-pague, restaurante, bar, quadras esportivas, parque, pedalinhos, camping e churrasqueiras..
Propício para a prática do RAFTING, o Rio Carreiro é um afluente da margem direita do Rio Taquari. Nasce na Coxilha Grande, no Município de Lagoa Vermelha. Bastante sinuoso, faz 70km de percurso em território guaporense..
A prática da pesca esportiva em Bom Jesus pode ser realizada em açudes particulares, sendo o Black Bass a principal espécie encontrada. Com esta atividade o que se destaca é o prazer pelo ato de pescar minimizando os danos ecológicos, sendo que o peixe é sol.
O rio Pelotas faz divisa entre os Estados do Rio Grande do Sul e Santa Catarina. O lugar impressiona pela grande área verde que apresenta. Na parte rodoviária da divisa existe uma área destinada para pesca e acampamento, mediante permissão da Brigada Militar local..
