Na época do descobrimento, o vasto planalto hoje pertencente ao território de Jaquirana era ocupado por índios Kaigangs.
No século XVII, chegaram os missionários jesuítas e implantaram a criação extensiva de gado. Os bandeirantes paulistas também lá estiveram, exercendo suas atividades escravagistas e buscando os rebanhos deixados pelos jesuítas.
No início do século XVIII os europeus e luso-brasileiros começam a marcar sua presença na região, representados por tropeiros e contrabandistas de gado. Em 1807, o Rio Grande do Sul cria a sua primeira estrutura administrativa territorial, formando quatro municípios. Um deles era Santo Antônio da Patrulha, que integrou o município de Jaquirana em seu território até 1878. A partir daí, a região onde hoje é Jaquirana passa a pertencer a São Francisco de Paula, emancipando-se em 1987.
O nome do município é de origem indígena e significa cigarra cantadeira.
Atrativos
Em Flores da Cunha
Nossa Senhora da Uva - Otávio Rocha.
Pelo ano de 1997 o Padre José Casanova entregou de presente ao vigário Pe. Homero Rui Rossi, vigário de
Otávio Rocha, um quadro de N.S. da Uva, comprado em 1964 em Paris. A reprodução se origina de um
quadro do pintor francês Pierre Mignoud (1612-169.
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A Igreja São Bento, edificada totalmente em concreto, é uma homenagem aos imigrantes italianos que colonizaram a região, tornando-se um marco permanente da sua principal atividade: a vitivinicultura. O altar e as portas da Igreja são de madeira. As quatro portas represent.
A capela São Roque está situada à beira do rio da Prata à ponte que liga o município de Vila Flores a Antônio Prado, situa-se no lugar aprazível. Nos fins de semana, em época de verão ela é muito visitada por turistas e outras pess.
